בית הספר בכפר אדומים הוקם שנה לאחר הקמת הכפר בשנת 1980, כבי"ס ראשון מסוגו בארץ ל"כלל ישראל" - תלמידים חילונים ודתיים, בהתאם לאופיו המיוחד של הישוב. מאז לומדים בבית הספר בכיתות מעורבות תלמידים ותלמידות בעלי גישות שונות למסורת ישראל. במהלך השנים הוקמו בסמוך לכפר אדומים עוד שני ישובים "אלון" ו"נופי פרת". גם ישובים אלה שותפים לחזון של חיים קהילתיים משותפים לכלל ישראל וילדיהם לומדים בבית הספר בכפר אדומים. בבית הספר ניכרת מגמת גידול מתמדת, הנובעת הן מריבוי טבעי והן מקליטה מואצת באזור. לתלמידים ולהוריהם בית הספר מהוה המשך טבעי למעון ולגני הילדים, אשר גם הם משותפים לכלל האוכלוסיה.
כתוצאה מתהליך זה, נחלק בית הספר בשנת 2014 לשני אשכולות בחלוקת רוחב ייחודית– "מעיינות" אשכול צעיר לכתות א'-ד' ו"מעיינות" אשכול בוגר לכתות ה'-ח'.  במקביל, נפתח באותה שנה בכפר אדומים גם התיכון המשותף כ.א.ן. הממשיך באופן טבעי וישיר ליישם את האידאולוגיה החינוכית של היסודי. כל בתי הספר שלנו מחוייבים לחזון החינוך המשלב ומקדמים אותו, כל אחד בדרכו הייחודית.
בבית הספר מתקיימת יצירה משותפת לילדים מהזרמים השונים, תוך חינוך לסובלנות,  לערכים של אהבת העם, התורה והארץ, תוך חיזוק הזהות היהודית והישראלית. בית הספר עמל להיות סביבה מעוררת סקרנות שבה התלמידים מפתחים חשיבה עצמאית ויצירתית, ומממשים את הפוטנציאל המיוחד לכל אחד. מטרתנו היא להעניק לכל תלמיד חינוך יהודי שיהיה רלוונטי לחייו בכל אורח חיים שבו בחרה משפחתו.
בית הספר שואף להוות מודל לחברה הישראלית והוא מוכר כבית ספר ניסויי בנושא חינוך יהודי ושייך גם לרשת מיתרים. קיימת בו מערכת נרחבת של חינוך מיוחד הכולל גם תלמידים בעלי צרכים מיוחדים, המשולבים בכתות הגדולות וכן לומדים בכתות תקשורת וכיתות מקדמות על איזוריות. 
ביה"ס מחנך ליהדות הדוגלת באחריות ומעורבות בחברה רב גונית, באמצעות לימוד, דיאלוג ומעשה. יש לנו מסורת ארוכה של טיפוח ערכים יהודיים-חברתיים ולמידה משמעותית, ואנו רואים עצמנו מחויבים למסורת זו.
מדיניות בית הספר כמוסד משותף לתלמידים דתיים וחילונים
ביה"ס דוגל בחינוך יהודי שהוא רלוונטי לכל תלמיד בכל אורח חיים בו הוא חי. הנחת העבודה שלנו היא שהיהדות היא נחלת הכלל, וכל תלמיד אחראי למימושה ולפיתוחה בחייו שלו ובחיי הציבור.
אנו חושפים את התלמידים לפנים שונות של "חינוך יהודי":
  • תפילה ואפשרות בחירה באלטרנטיבה של שיח שחרית החל מכתה ד'.
בכתות א'-ג', בהן כל הילדים מתפללים ביחד, התפילה וגם שיח השחרית מתקיימים בפורום כתתי מלא. החל מכתה ד' כל תלמיד בוחר (בעזרת הוריו) אם הוא פותח את הבוקר במסגרת שיח או תפילת שחרית. שיח שחרית מיועד לתת תחושה רגועה של חברותא בתחילת היום ושל התבוננות ושיחה, רגע לפני פתיחת המחברות והספרים.
  • עולם יהודי – שיעור ייחודי בהוראה ספיראלית העוסק בתכנים של יהדות חברתית וכן בתפילה ובחגים ומועדים, הניתן לכל הכתה ביחד:
  • שיעורים מקבילים: החל מכתה ד' מוצעות לתלמידים אפשרויות בחירה באופן מודולרי במערכת שעורים מקבילים הכוללים את מקצועות התורה שבע"פ ומקצועות בנושאי יהדות, חינוך אזרחי ותרבות כללית. התלמידים יכולים לבחור באופן מודולרי מבין ארבעה שיעורים. משנה, הלכה, "התהלך בארץ" ו"הישוב שלי".
  • ועדות תלמידים באוריינטציה של "יהדות חברתית".
  • ציון חגים ומועדים בפורום בית ספרי מתוך הדגשת המשותף לכל אורחות החיים.
  • שימוש במתודת ההוראה הבית מדרשית בכל מקצועות הלימוד.
בין כל אלה מקשר כחוט השני ה"קול" שבו מדברים עם הילדים בכל שעה ובכל תחום. קול המזמין, מאפשר ומקבל את השונות ואת הייחוד של כל תלמיד.
מעבר להיבט היהודי של החינוך לפלורליזם, אנו מאמינים שיש לחינוך כזה משמעות רבה בתחום החברתי. תלמידים הנחשפים מגיל צעיר למגוון דרכי התיחסות, לחשיבה מורכבת ולקבלת השונה, יגדלו להיות אזרחים סובלניים בעלי גמישות מחשבתית ויכולות גבוהות יותר הן בתחום החשיבה והן בתחום הרגשי.
דוגמאות לפעילויות ייחודיות בביה"ס:
  • ועדות קש"ר – קהילה של ערבות. ועדות תלמידים באשכול הצעיר והבוגר המונהגות ע"י תלמידים ועוסקות באופן פעיל וקבוע בנושאים החשובים לילדים כמו איכות הסביבה, עתון ביה"ס, אקלים ומראה ביה"ס, או מפעילות הפסקות פעילות במשחקי חשיבה, הרקדה, קריאה, וספורט.
  • חדר מורים פעיל ומעורב. צוות מסור ואכפתי המחובר לתלמידים ומקיים גם עבודת עומק בנושאים הנוגעים למהות המודל החינוכי שלנו. למשל – עבודה על נושא התפילה והשיח, החל מחיפוש משמעויות אישיות ועד חפוש דרכים מיטביות ליישום במסגרת המורכבת של הקהילה המעורבת.
  • תכנית אמירים לתלמידים מצטיינים.
  • חידון תנ"ך בסגנון ייחודי: לימוד עם דגש על נושאים חברתיים בתנ"ך, הרלוונטיים לעולמם של הילדים בכל אורח חיים בו הם חיים.
  • כנסי ראש חודש בהם מתכנס כל ביה"ס לתפילה, שירה וחגיגת ה"ביחד" תוך הדגשת ערכים המיוחדים לחודש.
  • "עשרת ימי תודה" – מסגרת שהוקמה במדרשת עין פרת שבאלון ומתרחבת לישובים רבים בארץ.
  • תערוכת קציר – תערוכה בית ספרית המתקיימת בשבועות ומציגה הצלחות אישיות / חברתיות / לימודיות שהתרחשו במהלך השנה.

מתודות ייחודיות:
מסגרת הלמידה ה"בית מדרשית" מתבצעת בכל כתות האשכול הצעיר במינונים שונים. מסגרת זו מתאפיינת בכך שהתלמידים פועלים בה בצורה עצמאית אם בבחירת הנושא, בבחירת המשימה, אם בבחירה באופן העבודה - לבד, עם בן זוג (חברותא) או בקבוצה קטנה, ובמלוי דף מעקב אחר עבודתם.
בחירה מרובה זו מחייבת הבנה של השיקולים השונים המשפיעים עליה ומחייבת תכנן נכון של זמן העבודה. מסגרת זו מחייבת אמנם עבודת הכנה רבה, ודורשת מהמורה מעקב יותר מוקפד, אך בשיעור עצמו התלמידים יכולים לתפקד בחופשיות ובצורה עצמאית עם תמיכה מועטה ביותר של המורה. יש בכך רווח לכולם – התלמידים רוכשים מיומנויות של למידה עצמאית והמורה לומדת "לשחרר" ולהעביר את האחריות על הלמידה לתלמידים עצמם. השפה בה נשתמש בשיעורים תהיה שפה מצמיחה, משקפת, מעודדת ולא שיפוטית. שפה המייצרת רוגע ומדגימה שקט נעים של עבודה בכתה.